0311 Joint association analysis of additive and non-additive genomic effects for growth and carcass traits of beef cattle
Notice bibliographique
Résumé
The biological dominance effects of genes have been suggested as one of the genetic mechanism explaining heterosis. We performed a joint association analysis using genotypes from Illumina BovineSNP50 (50K) BeadChip to evaluate the contributions of additive and dominance genomic effects to the variance of growth and carcass traits in beef cattle and to identify genomic regions that potentially harbor genes or quantitative trait loci underlying the variation. A total of 6794 multi-breed and crossbred beef cattle with phenotype and 50K genotypes were used. Traits studied included birth weight (BWT), weaning weight (WWT), pre-weaning daily gain (PDG), average daily gain (ADG), yearling weight (YWT), hot carcass weight (HCW), back fat thickness (BFT), rib-eye area (REA), marbling score (MS), lean meat yield (LMY) and yield grade (YG). Additive and dominance genomic relationships were created based on 42,610 single nucleotide polymorphism (SNP) markers that passed the quality control. The model used accounted for fixed contemporary group effects (herd, year, data source, and sex), covariates of genomic breed composition, age of dam, weaning age, age at start of feedlot test, and slaughter age, and random maternal and maternal permanent effect depending on the trait analyzed. A single SNP analysis that partitions the SNP effects into additive and dominance components was used for genome-wide association. The proportions of total phenotypic variance explained by additive and dominance effects for the studied traits are presented in Table 1. After applying a false discovery rate at a 5% significance ly, for the additive component. For the dominance component, three SNPs (rs11level, a total of 66, 20, 2, 36, 66, 22, 9, 15, 10, and 3 SNPs were significantly associated with BWT, WWT, PDG, ADG, YWT, HCW, BFT, REA, LMY, and YG, respectively, for the additive component. For the dominance component, three SNPs (rs110564527, rs110361335, and rs41663796) and one SNP (rs43624164) were significantly associated with MS and WWT, respectively. The SNP rs110361335 located on chromosome 4 was found to be within islet cell autoantigen 1 (ICA1) gene which is involved in insulin regulation. In addition, SNP rs43624164 on chromosome 10 found to be near the gene ribosomal protein L10-like (RPL10L) had significant additive and dominance effects on WWT. Although, the proportions of phenotypic variance explained by dominance were moderate for growth traits with known heterosis effects, the results of this study suggest that dominance effects are polygenic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».