Architecture of Bacterial Promoters; The case of the Escherichia coli ogt Promoter
Notice bibliographique
Résumé
<p class="1Body">All bacteria utilize RNA polymerase enzyme and transcription activator proteins to regulate gene expression in response to internal or external stress. Some bacterial promoters are regulated with only one transcription factor whilst two or more transcription activators regulate some other promoters. NarL is a transcription activator protein that activates the <em>E. coli yeaR</em> and <em>ogt</em> promoters in response to nitrate and nitrite induction in absence of oxygen. In the present study we have studied <em>ogt1052</em> promoter, which is a derivative of <em>ogt</em> promoter containing only one NarL binding site very close to -35 element. Therefore, it is considered as class II activator dependent promoter just as <em>yeaR</em> promoter. A molecular structure of <em>ogt1052</em> promoter was proposed which suggests that NarL binding site is located in opposite face of DNA that contains Alpha-CTD and sigma domain 4 of RNA polymerase enzyme required for promoter recognition. The aim of the present study was to study and test the suggested molecular model by creating point mutations at -35 element and deletion of one base pair in spacer region, to test whether sigma domain 4 is necessary to bind -35 hexamer in order to start transcription initiation, and to test whether NarL activates the promoter by interaction with Alpha-CTD in the opposite face of the DNA. Based on the result achieved, <em>ogt1052</em> promoter is a class I promoter “dressed” like a class II promoter.</p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».