0392 Genetic architecture of feed efficiency in mid-lactation Holstein dairy cows
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to explore the genetic architecture and biological basis of feed efficiency in lactating Holstein cows. In total, 4918 cows with actual or imputed genotypes for 60,671 SNP had individual feed intake, milk yield, milk composition, and body weight records. Cows were from research herds located in the United States, Canada, the Netherlands, and Scotland. Feed efficiency defined as residual feed intake (RFI) was calculated as the residual of the regression of DMI on milk energy (MilkE), metabolic body weight (MBW), and body weight change along with systematic effects of parity class by days in milk fitted as a fifth order Legendre polynomial (fixed), diet within experiment within location (random) and test week (random). Adjusted phenotypes for DMI, MilkE, and MBW were calculated as the sum of the animal and residual components from the regression of each trait on the same systematic effects used for RFI. Animal relationships were represented with a genomic relationship matrix. Genome-wide association studies were performed for RFI, DMI, MilkE, and MBW using the Bayes B method in GenSel version 4.4 with 1% of SNP assumed to have a non-zero effect. One megabase windows with the greatest percent of the total genetic variation explained by the markers (TGVM) were identified, and within windows explaining more than 0.5% of the TGVM, the SNP with the highest posterior probability of a non-zero effect was tested for significant additive and dominance effects. Marker-based heritabilities were estimated for RFI (0.10), DMI (0.25), MilkE (0.20), and MBW (0.44). Tentative results for RFI identified regions explaining the greatest percent of the TGVM on chromosomes X, 9, and 14, and all tested SNP had significant additive effects (p < 0.05). Four of the 10 regions with the greatest effect on DMI also were included in the 10 regions with greatest effects on RFI, but not in the top 10 regions for MilkE or MBW, suggesting a genetic basis for intake that is unrelated to energy consumption required for milk production or maintenance. Candidate genes found within windows explaining the greatest percent of the TGVM for RFI include solute carrier family 25 member 14 and leptin. In conclusion, feed efficiency is a polygenic trait exhibiting genetic variation distinct from that underlying maintenance requirements and milk energy output.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».