Whole Exome Sequencing Analysis in AML with Normal Karyotype Not Harboring FLT3/ITD Mutation Reveals Novel Genetic Alterations.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract 2593 Background: NK-AML represents genetically heterogeneous group of disease. However genetic lesions affecting treatment outcome in patients with NK-AML are relatively unknown. Methods: The discovery cohort consists of 67 NK-AML patients in complete remission (median age: 49.2, ranges: 19–70) without FLT-3 mutations. Genomic DNA was extracted from enriched AML cells at diagnosis or control specimens obtained after complete remission. Whole exomes were captured using Agilent SureSelect and sequencing were performed by HiSeq2000 with 41∼89× coverage. Bioinformatics analysis and identification of somatic mutation has been done by series of software such as BWA, Picard, GATK, VarScan 2, and custom-made scripts. All the data has been re-checked by manual inspection. Validation has been done independent set of cohort (358 NK-AML patients, median age: 51, ranges: 15–85) with Sanger sequencing on highly mutated target sites. Results: Filtering against dbSNP and COSMIC database generated 485 genes with somatic and structural variations. Among them, 41 genes were detected in more than two patients. In addition to well-known 28 mutations, 13 novel mutations with different frequencies were identified including genes responsible for structural maintenance of chromosome (SMC1A, 6.0%) and tumor suppressor function (FAT1, 6.0%). Most common type of mutation was missense mutation (70.8%), and substantial fraction of mutation was splicing site mutations (3.8%). The hematological system development and hematologic function were most highly enriched by the Ingenuity Pathway Analysis (IPA) as expected. CIRCOS plot analysis showed similar co-occurring pattern of recurrent mutations with previous reports. Hierarchical clustering analysis divided into four different groups according to the number of harboring mutations. In network analysis four distinct subgroups were observed ranging 21 to 3 gene network. Conclusion: Using whole exome sequencing approach, a catalog of recurrent mutations was successfully defined in the patients with NK-AML without FLT3/ITD mutation. This candidate list of novel mutations should be tested further for therapeutic target and prognostic marker in the patients with NK-AML. Disclosures: No relevant conflicts of interest to declare.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».