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Enregistrement W2550828940 · doi:10.1101/084137

Tractography-based connectomes are dominated by false-positive connections

2016· preprint· en· W2550828940 sur OpenAlexafffund
Klaus Maier‐Hein, Peter Neher, Jean‐Christophe Houde, Marc-Alexandre Côté, Eleftherios Garyfallidis, jinyu zhong, Maxime Chamberland, Fang‐Cheng Yeh, Ying‐Chia Lin, Qing Ji, Wilburn E. Reddick, John O. Glass, David Qixiang Chen, Yuanjing Feng, Chengfeng Gao, Ye Wu, Jieyan Ma, Hua Ren-jie, Qiang Li, Carl‐Fredrik Westin, Samuel Deslauriers‐Gauthier, J. Omar Ocegueda González, Michael Paquette, Samuel St‐Jean, Gabriel Girard, François Rheault, Jasmeen Sidhu, Chantal M. W. Tax, Fenghua Guo, Hamed Y. Mesri, Szabolcs Dávid, Martijn Froeling, Anneriet M. Heemskerk, Alexander Leemans, Arnaud Boré, Basile Pinsard, Christophe Bedetti, Matthieu Desrosiers, Simona M. Brambati, Julien Doyon, Alessia Sarica, Roberta Vasta, Antonio Cerasa, Aldo Quattrone, Jason D. Yeatman, Ali R. Khan, Wes Hodges, Simon Alexander, David Romascano, Muhamed Baraković, Anna Auría, Oscar Estéban, Alia Lemkaddem, Jean‐Philippe Thiran, H. Ertan Çetingül, Benjamin L. Odry, Boris Mailhé, Mariappan S. Nadar, Fabrizio Pizzagalli, Gautam Prasad, Julio E. Villalón‐Reina, Justin Galvis, Paul M. Thompson, Francisco De Santiago Requejo, Pedro Luque Laguna, Luís Miguel Lacerda, Rachel Barrett, Flavio Dell’Acqua, Marco Catani, Laurent Petit, Emmanuel Caruyer, Alessandro Daducci, Tim B. Dyrby, Tim Holland‐Letz, Claus C. Hilgetag, Bram Stieltjes, Maxime Descoteaux

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensCanadian Sleep & Circadian NetworkWestern UniversityHôpital du Sacré-Cœur de MontréalSynaptive (Canada)Institut Universitaire de Gériatrie de MontréalUniversity of TorontoUniversity Health NetworkUniversité de MontréalUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekChina Scholarship CouncilDeutsche ForschungsgemeinschaftUniversité de Sherbrooke
Mots-clésTractographyHuman Connectome ProjectGround truthDiffusion MRIConnectomeWhite matterComputer scienceHuman brainArtificial intelligenceConnectomicsPattern recognition (psychology)NeuroscienceFunctional connectivityPsychologyMagnetic resonance imagingMedicineRadiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Fiber tractography based on non-invasive diffusion imaging is at the heart of connectivity studies of the human brain. To date, the approach has not been systematically validated in ground truth studies. Based on a simulated human brain dataset with ground truth white matter tracts, we organized an open international tractography challenge, which resulted in 96 distinct submissions from 20 research groups. While most state-of-the-art algorithms reconstructed 90% of ground truth bundles to at least some extent, on average they produced four times more invalid than valid bundles. About half of the invalid bundles occurred systematically in the majority of submissions. Our results demonstrate fundamental ambiguities inherent to tract reconstruction methods based on diffusion orientation information, with critical consequences for the approach of diffusion tractography in particular and human connectivity studies in general.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,229
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations69
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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