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Enregistrement W2551180170 · doi:10.1038/srep36874

rs2735383, located at a microRNA binding site in the 3’UTR of NBS1, is not associated with breast cancer risk

2016· article· en· W2551180170 sur OpenAlexafffund
Jingjing Liu, Ivona Lončar, J. Margriet Collée, Manjeet K. Bolla, Joe Dennis, Kyriaki Michailidou, Irene L. Andrulis, Monica Barile, Matthias W. Beckmann, Sabine Behrens, Javier Benı́tez, Carl Blomqvist, Bram Boeckx, Natalia Bogdanova, Stig E. Bojesen, Hiltrud Brauch, Paul Brennan, Hermann Brenner, Annegien Broeks, Barbara Burwinkel, Jenny Chang‐Claude, Shou‐Tung Chen, Georgia Chenevix‐Trench, Ching‐Yu Cheng, Ji‐Yeob Choi, Fergus J. Couch, Angela Cox, Simon S. Cross, Katarina Ćuk, Kamila Czene, Thilo Dörk, Isabel dos‐Santos‐Silva, Peter A. Fasching, Jonine D. Figueroa, Henrik Flyger, Montserrat García‐Closas, Graham G. Giles, Gord Glendon, Mark S. Goldberg, Anna González‐Neira, Pascal Guénel, Christopher A. Haiman, Ute Hamann, Steven N. Hart, Mikael Hartman, Sigrid Hatse, John L. Hopper, Hidemi Ito, Anna Jakubowska, Maria Kabisch, Daehee Kang, Veli‐Matti Kosma, Vessela N. Kristensen, Loı̈c Le Marchand, Eunjung Lee, Jingmei Li, Artitaya Lophatananon, Jan Lubiński, Keitaro Matsuo, Roger L. Milne, Kristine Kleivi Sahlberg, Lars Ottestad, Rolf Kåresen, Anita Langerød, Ellen Schlichting, Marit Muri Holmen, Toril Sauer, Vilde Drageset Haakensen, Olav Engebråten, Bjørn Naume, Cecile E. Kiserud, Kristin V. Reinertsen, Åslaug Helland, Margit Riis, Ida Bukholm, Per Eystein Lønning, Anne‐Lise Børresen‐Dale, Grethe I.G. Alnæs, Susan L. Neuhausen, Heli Nevanlinna, Nick Orr, José Ignacio Arias Pérez, Julian Peto, Thomas Choudary Putti, Katri Pylkäs, Paolo Radice, Suleeporn Sangrajrang, Elinor J. Sawyer, Marjanka K. Schmidt, Andreas Schneeweiß, Chen‐Yang Shen, Martha J. Shrubsole, Xiao‐Ou Shu, Jacques Simard, Melissa C. Southey, Anthony J. Swerdlow, Soo‐Hwang Teo, Daniel C. Tessier, Somchai Thanasitthichai, Ian Tomlinson, Diana Torres, Thérèse Truong, Chiu-Chen Tseng, Celine M. Vachon, Robert Winqvist, Anna H. Wu, Drakoulis Yannoukakos, Wei Zheng, Per Hall, Alison M. Dunning, Douglas F. Easton, Maartje J. Hooning, Ans M.W. van den Ouweland, John W.M. Martens, Antoinette Hollestelle

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation CentreUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de QuébecMcGill UniversityUniversity of TorontoRoyal Victoria HospitalLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research and Materiel CommandMedisinske fakultet, Universitetet i OsloInstitute of Biomedical Sciences, Academia SinicaUniversitätsklinikum Hamburg-EppendorfNIHR Oxford Biomedical Research CentreBiomedical Research CouncilNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilCenter for Agroforestry, University of MissouriHorizon 2020 Framework ProgrammeU.S. ArmyNational Institutes of HealthDeutschen Konsortium für Translationale KrebsforschungAgence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du TravailFondazione Italiana per la Ricerca sul CancroInstitut National Du CancerDeutsche KrebshilfeMedizinischen Hochschule HannoverKWF KankerbestrijdingNational Research Foundation of KoreaCanadian Institutes of Health ResearchGeneral Secretariat for Research and TechnologyChina Scholarship CouncilMinistry of Education, Science and TechnologyOvarian Cancer Research FundMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyBundesministerium für Bildung und ForschungMinisterio de Economía y CompetitividadCancer AustraliaAgence Nationale de la RechercheRobert Bosch StiftungDeutsches KrebsforschungszentrumHøgskolen i Oslo og AkershusEuropean Social FundAgency for Science, Technology and ResearchCancer Council South AustraliaFonds Wetenschappelijk OnderzoekNational Cancer InstituteCancer Institute NSWNational Breast Cancer FoundationEuropean CommissionNational Medical Research CouncilEberhard Karls Universität TübingenRheinische Friedrich-Wilhelms-Universität BonnBreast Cancer Research TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekDeutsche Gesetzliche UnfallversicherungGentofte HospitalKuopion Yliopistollinen SairaalaAcademia SinicaNational Research FoundationNational Institute for Health and Care ResearchNorges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetMcGill University Health CentreUniversity of California, IrvineDavid F. and Margaret T. Grohne Family FoundationGénome QuébecBreast Cancer Research FoundationMcGill UniversityJapan Agency for Medical Research and DevelopmentFondation de FranceCalifornia Breast Cancer Research ProgramNIHR Biomedical Research Centre, Royal Marsden NHS Foundation Trust/Institute of Cancer ResearchHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriCancer Council VictoriaCalifornia Department of Public HealthUniversitetet i OsloSundhed og Sygdom, Det Frie ForskningsrådLon V. Smith FoundationItä-Suomen YliopistoCancer Council NSWSusan G. Komen for the CureTaiwan BiobankCancer Research UKAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroMinistry of Public HealthBeckman Research Institute, City of HopeCancer Council TasmaniaWorld Health OrganizationUniversity of Southern CaliforniaInternational Business Machines CorporationUniversity of CambridgeKing's College LondonUniversitetet i TromsøU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBreast cancerGenotypeOncologyMedicineInternal medicineColorectal cancerMenarcheCancerCase-control studyMenopauseBiologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract NBS1, also known as NBN, plays an important role in maintaining genomic stability. Interestingly, rs2735383 G > C, located in a microRNA binding site in the 3′-untranslated region (UTR) of NBS1, was shown to be associated with increased susceptibility to lung and colorectal cancer. However, the relation between rs2735383 and susceptibility to breast cancer is not yet clear. Therefore, we genotyped rs2735383 in 1,170 familial non-BRCA1/2 breast cancer cases and 1,077 controls using PCR-based restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) analysis, but found no association between rs2735383CC and breast cancer risk (OR = 1.214, 95% CI = 0.936–1.574, P = 0.144). Because we could not exclude a small effect size due to a limited sample size, we further analyzed imputed rs2735383 genotypes (r2 > 0.999) of 47,640 breast cancer cases and 46,656 controls from the Breast Cancer Association Consortium (BCAC). However, rs2735383CC was not associated with overall breast cancer risk in European (OR = 1.014, 95% CI = 0.969–1.060, P = 0.556) nor in Asian women (OR = 0.998, 95% CI = 0.905–1.100, P = 0.961). Subgroup analyses by age, age at menarche, age at menopause, menopausal status, number of pregnancies, breast feeding, family history and receptor status also did not reveal a significant association. This study therefore does not support the involvement of the genotype at NBS1 rs2735383 in breast cancer susceptibility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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