0327 Genome-wide association study for supernumerary teats in Swiss Brown Swiss Cattle reveals LGR5 as a major gene on chromosome 5
Notice bibliographique
Résumé
Supernumerary teats (SNT) are any teats present on a cow's udder other than the regular four. In Swiss Brown Swiss cows, 19.9% carry SNT. Different stages of development of SNT are observed from rudimentary appendices to functional and possibly lactating teats. SNT may promote mastitis, impeach good placement of the milking machine and lower the market price of the animals. No genetic analysis of the trait has been done in this cattle population, although SNT have been routinely recorded with other conformation traits since 1995 in Switzerland. This study aimed to investigate the genetic architecture of this trait through genome-wide association studies (GWAS) performed with imputed whole-genome sequence. Two trait definitions were used: Udder Clearance (UCT) considering whether a cow is carrier of any SNT or has a clear udder and Presence of Supernumerary Mammary Gland (PMG) opposing animal carrier of completely developed and possibly functional SNT with animals with a clear udder or carrier of a rudimentary SNT. Breeding values were estimated for Brown Swiss sires of at least 20 daughters with SNT records using an animal model including the random effects expert-by-year, farm-by-year and animal. The animal's dam life stage—heifer or cow—during its parity was fitted as a fixed effect in the same model. Single SNP regression using deregressed proofs of 1519 bulls with genotypes imputed to the variant list of the 5thRun of the 1000 Bulls Genome Project permitted discovery of three important regions on BTA5, BTA17 and BTA20 associated with the presence or the development of SNT. Regions on BTA17 and BTA20 reached clearly lower p-values (10−7 vs. 10−4) when associated to PMG than UCT, while variants on BTA5 were significantly linked to both trait definitions. No candidate genes on BTA 17 and BTA20 were found after functional analysis. On BTA5, however, the leucine-rich repeat-containing G protein coupled receptor 5 (LGR5) can be considered as the major gene for our trait. Encoding a protein known as an up-regulator of the Wnt pathway and having an expression level impacting the mammary gland development, LGR5 also carries a synonymous mutation that is highly associated to SNT. To conclude, GWAS in the Swiss Brown Swiss population revealed LGR5 on BTA5 as a candidate gene influencing the presence and development stage of supernumerary teats.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».