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Enregistrement W2551680432 · doi:10.1016/j.ajhg.2016.10.008

Mutations in REEP6 Cause Autosomal-Recessive Retinitis Pigmentosa

2016· article· en· W2551680432 sur OpenAlexfundno aff
Gavin Arno, Smriti A. Agrawal, Aiden Eblimit, James Bellingham, Mingchu Xu, Feng Wang, Christina Chakarova, David A. Parfitt, Amelia Lane, Thomas Burgoyne, Sarah Hull, Keren Carss, Alessia Fiorentino, Matthew Hayes, Peter Munro, Ralph Nicols, Nikolas Pontikos, Graham E. Holder, Chinwe Asomugha, F. Lucy Raymond, Anthony T. Moore, Vincent Plagnol, Michel Michaelides, Alison J. Hardcastle, Yumei Li, Catherine A. Cukras, Andrew R. Webster, Michael E. Cheetham, Rui Chen, Graeme C. Black, Georgina Hall, Stuart Ingram, Rachel Gillespie, Forbes Manson, Panagiotis I. Sergouniotis, Chris F. Inglehearn, Carmel Toomes, Manir Ali, Martin McKibbin, James A. Poulter, Kamron N. Khan, Emma Lord, Andrea H. Németh, Susan M. Downes, Jing Yu, Stefano Lise, Nikos Ponitkos, Veronica van Heyningen

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinal Development and Disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR BioResourceMoorfields Eye Hospital NHS Foundation TrustNational Institute for Health and Care ResearchFight for Sight UKFoundation Fighting BlindnessNational Eye InstituteWellcome TrustRetina UKFight for Sight
Mots-clésRetinitis pigmentosaFrameshift mutationBiologyMissense mutationGeneticsRetinal degenerationVisual phototransductionExonMutationGeneRetinal

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Retinitis pigmentosa (RP) is the most frequent form of inherited retinal dystrophy. RP is genetically heterogeneous and the genes identified to date encode proteins involved in a wide range of functional pathways, including photoreceptor development, phototransduction, the retinoid cycle, cilia, and outer segment development. Here we report the identification of biallelic mutations in Receptor Expression Enhancer Protein 6 (REEP6) in seven individuals with autosomal-recessive RP from five unrelated families. REEP6 is a member of the REEP/Yop1 family of proteins that influence the structure of the endoplasmic reticulum but is relatively unstudied. The six variants identified include three frameshift variants, two missense variants, and a genomic rearrangement that disrupts exon 1. Human 3D organoid optic cups were used to investigate REEP6 expression and confirmed the expression of a retina-specific isoform REEP6.1, which is specifically affected by one of the frameshift mutations. Expression of the two missense variants (c.383C>T [p.Pro128Leu] and c.404T>C [p.Leu135Pro]) and the REEP6.1 frameshift mutant in cultured cells suggest that these changes destabilize the protein. Furthermore, CRISPR-Cas9-mediated gene editing was used to produce Reep6 knock-in mice with the p.Leu135Pro RP-associated variant identified in one RP-affected individual. The homozygous knock-in mice mimic the clinical phenotypes of RP, including progressive photoreceptor degeneration and dysfunction of the rod photoreceptors. Therefore, our study implicates REEP6 in retinal homeostasis and highlights a pathway previously uncharacterized in retinal dystrophy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations131
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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