Estimation of long terminal repeat element content in the <i>Helicoverpa zea</i> genome from high-throughput sequencing of bacterial artificial chromosome pools
Notice bibliographique
Résumé
The lepidopteran pest insect Helicoverpa zea feeds on cultivated corn and cotton across the Americas where control remains challenging owing to the evolution of resistance to chemical and transgenic insecticidal toxins, yet genomic resources remain scarce for this species. A bacterial artificial chromosome (BAC) library having a mean genomic insert size of 145 ± 20 kbp was created from a laboratory strain of H. zea, which provides ∼12.9-fold coverage of a 362.8 ± 8.8 Mbp (0.37 ± 0.09 pg) flow cytometry estimated haploid genome size. Assembly of Illumina HiSeq 2000 reads generated from 14 pools that encompassed all BAC clones resulted in 165 485 genomic contigs (N 50 = 3262 bp; 324.6 Mbp total). Long terminal repeat (LTR) protein coding regions annotated from 181 contigs included 30 Ty1/copia, 78 Ty3/gypsy, and 73 BEL/Pao elements, of which 60 (33.1%) encoded all five functional polyprotein (pol) domains. Approximately 14% of LTR elements are distributed non-randomly across pools of BAC clones.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».