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Enregistrement W2553214984 · doi:10.2527/jam2016-0149

0149 DI/LC-MS/MS-based metabolomics identifies early predictive serum biomarkers for ketosis in dairy cows

2016· article· en· W2553214984 sur OpenAlexaff
Burim N. Ametaj, Guanshi Zhang, Elda Dervishi, S.M. Dunn, Raju K. Mandal, David S. Wishart

Notice bibliographique

RevueJournal of Animal Science · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueReproductive Physiology in Livestock
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésKetosisInternal medicineMetaboliteEndocrinologyMetabolismMetabolomeDairy cattleLactationMetabolomicsNEFAMedicineChemistryBiologyAnimal sciencePregnancyBioinformaticsInsulinDiabetes mellitus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Subclinical ketosis is a prevalent metabolic disease in transition dairy cows that affects 30 to 40% of the cows during early lactation. Cows with ketosis have lower milk yield and reproductive performance, greater risk of other periparturient diseases, and higher culling rate. The objectives of this study were to retrospectively evaluate alterations of metabolites in the serum of dairy cows with ketosis before, during, and after the diagnosis of disease and identify monitoring and diagnostic serum metabolite biomarkers for ketosis. One hundred transition dairy cows, 20 healthy cows (CON), and six cows with ketosis were sampled during d –8, –4, at disease diagnosis, and wk +4 and +8 relative to parturition. One hundred and twenty-eight serum metabolites were quantitatively profiled in CON and ketosis cows using a targeted metabolomics approach based on DI/LC-MS/MS at all time points. Univariate and multivariate data analyses were conducted at each time point to examine alterations of serum metabolites throughout the progress of ketosis. Significant changes were detected in the concentrations of several molecular species of amino acids, glycerophospholipids, sphingolipids, acylcarnitines, biogenic amines, and hexose in the serum of cows with ketosis during the entire experimental period. Multivariate analysis (i.e., PCA and PLS-DA) also showed clear distinctions between the two groups on the basis of the measured 128 serum metabolites at five time points. Furthermore, several metabolic pathways including Lys degradation, biotin metabolism, Try metabolism, urea cycle, Arg-Pro metabolism, protein biosynthesis, Met metabolism, phospholipid biosynthesis, Val-Leu-Ile degradation, betaine metabolism, Asp metabolism, His metabolism, and β-Ala metabolism were perturbed in cows with ketosis during the onset and progression of disease. These new findings give insights into further understanding of the pathobiology of ketosis in dairy cows. Biomarker analysis showed that AUCs for ROC curves were 0.996 (95% CI, 0.969–1) at –8 wks, 0.995 (95% CI, 0.938–1) at –4 wks, 0.99 (95% CI, 0.882–1) at disease wk, 1 (95% CI: 1–1) at +4 wks and 0.985 (95% CI: 0.806–1) at +8 wks, respectively, which suggest that serum biomarkers identified have pretty accurate predictive, diagnostic, and prognostic abilities for ketosis in transition dairy cows.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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