The Use of Transposon Insertion Sequencing to Interrogate the Core Functional Genome of the Legume Symbiont Rhizobium leguminosarum
Notice bibliographique
Résumé
The free-living legume symbiont Rhizobium leguminosarum is of significant economic value because of its ability to provide fixed nitrogen to globally important leguminous food crops, such as peas and lentils. Discovery based research into the genetics and physiology of R. leguminosarum provides the foundational knowledge necessary for understanding the bacterium’s complex lifestyle, and to subsequently improve its application as a crop biological. Transposon insertion sequencing (INSeq) facilitates high-throughput forward genetic screening at a genomic scale to identify individual genes required for growth in a specific environment. In this study we applied INSeq to screen the genome of R. leguminosarum bv. viciae strain 3841 (RLV3841) for genes required for growth on minimal mannitol containing medium. Results from this study were contrasted with a prior INSeq experiment screened on peptide rich media to identify a common set of functional genes necessary for basic physiology. Contrasting the two growth conditions indicated that approximately 10% of the chromosome was required for growth, under both growth conditions. Specific genes that were essential to singular growth conditions were also identified. Data from INSeq screening on mannitol as a sole carbon source were used to reconstruct a metabolic map summarizing growth impaired phenotypes observed in the Embden-Meyerhof-Parnas pathway, Entner-Doudoroff pathway, pentose phosphate pathway, and tricarboxylic acid cycle. This revealed the presence of mannitol dependent and independent metabolic pathways required for growth, along with identifying metabolic steps with isozymes or possible carbon flux by-passes. Additionally, genes were identified on plasmids pRL11 and pRL12 that are likely to encode for functional activities important to the central physiology of RLV3841.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».