Transcriptome‐based phylogeny of endemic Lake Baikal amphipod species flock: fast speciation accompanied by frequent episodes of positive selection
Notice bibliographique
Résumé
Endemic species flocks inhabiting ancient lakes, oceanic islands and other long-lived isolated habitats are often interpreted as adaptive radiations. Yet molecular evidence for directional selection during species flocks radiation is scarce. Using partial transcriptomes of 64 species of Lake Baikal (Siberia, Russia) endemic amphipods and two nonendemic outgroups, we report a revised phylogeny of this species flock and analyse evidence for positive selection within the endemic lineages. We confirm two independent invasions of amphipods into Baikal and demonstrate that several morphological features of Baikal amphipods, such as body armour and reduction in appendages and sensory organs, evolved in several lineages in parallel. Radiation of Baikal amphipods has been characterized by short phylogenetic branches and frequent episodes of positive selection which tended to be more frequent in the early phase of the second invasion of amphipods into Baikal when the most intensive diversification occurred. Notably, signatures of positive selection are frequent in genes encoding mitochondrial membrane proteins with electron transfer chain and ATP synthesis functionality. In particular, subunits of both the membrane and substrate-level ATP synthases show evidence of positive selection in the plankton species Macrohectopus branickii, possibly indicating adaptation to active plankton lifestyle and to survival under conditions of low temperature and high hydrostatic pressures known to affect membranes functioning. Other functional categories represented among genes likely to be under positive selection include Ca-binding muscle-related proteins, possibly indicating adaptation to Ca-deficient low mineralization Baikal waters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».