A Preliminary Guideline for the Assignment of Methicillin‐Resistant <i>Staphylococcus aureus</i> to a Canadian Pulsed‐Field Gel Electrophoresis Epidemic Type Using <i>spa</i> Typing
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Increasing rates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infections on a global scale is a major health concern. In Canada, there are 10 known epidemic types of MRSA as determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Despite the excellent discriminatory power of PFGE, there are several disadvantages of using this technique, such as high degree of labour intensity and the inability to easily develop an MRSA typing database due to the subjective interpretation of results. OBJECTIVES: The purpose of the present study was to determine whether spa typing, an established DNA sequence-based typing method, could be used as an alternative to PFGE for the typing of Canadian MRSA (CMRSA) epidemic isolates. RESULTS: spa types were determined for 1488 CMRSA isolates, and the method was analyzed for its ability to identify and cluster CMRSA1-10 strains. Minimal spanning tree analysis of 1452 spa types revealed individual clonal clusters for PFGE epidemic types CMRSA1, 2, 7 and 8, but spa typing could not distinguish CMRSA5 from CMRSA9 and CMRSA10, and CMRSA3 from CMRSA4 and CMRSA6. However, specific spa types were generally associated with only one PFGE epidemic type. Based on these results, a spa typing guideline for CMRSA isolates was developed and tested using the first 300 MRSA isolates received in 2007 through the Canadian Nosocomial Infection Surveillance Program. CONCLUSIONS: The high concordance of spa types with PFGE epidemic types using this guideline demonstrated the feasibility of spa typing as a more rapid and less technically demanding alternative typing method for MRSA in Canada.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle