Genetic and genomic analysis of hyperthelia in Brown Swiss cattle
Notice bibliographique
Résumé
Supernumerary teats (SNT) are any abnormal teats found on a calf in addition to the usual and functional 4 teats. The presence of SNT has also been termed "hyperthelia" since the end of the 19th century. Supernumerary teats can act as an incubator for bacteria, infecting the whole udder, and can interfere with the positioning of the milking machine, and consequently, have economic relevance. Different types of SNT are observed at different positions on the udder. Caudal teats are in the rear, ramal teats are attached to another teat, and intercalary teats are found between 2 regular teats. Not all teats are equally developed; some are completely functional but most are rudimentary and not attached to any mammary gland tissue. Recently, different studies showed the poly/oligogenic character of these malformations in cattle as well as in other mammalian species. The objective of this study was to analyze the genetic architecture and incidence of hyperthelia in Swiss Brown Swiss cattle using both traditional genetic evaluation as well as imputed whole genome sequence variant information. First, phenotypes collected over the last 20 yr were used together with pedigree information for estimation of genetic variance. Second, breeding values of Brown Swiss bulls were estimated applying the BLUP algorithm. The BLUP-EBV were deregressed and used as phenotypes in genome-wide association studies. The gene LGR5 on chromosome 5 was identified as a candidate for the presence of SNT. Using alternative trait coding, genomic regions on chromosome 17 and 20 were also identified as being involved in the development of SNT with their own supernumerary mammary gland tissue. Implementing knowledge gained in this study as a routine application allows a more accurate evaluation of the trait and reduction of SNT prevalence in the Swiss Brown Swiss cattle population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».