MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2555455530 · doi:10.1109/allerton.2009.5394927

Controlling errors in the process of molecular self-assembly

2009· article· en· W2555455530 sur OpenAlex
Ya Meng, Navin Kashyap

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Biological Computing
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTileProofreadingProcess (computing)Computer scienceSet (abstract data type)ComputationAlgorithmProgramming languagePhysicsMaterials science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The problem of controlling errors in the process of molecular self-assembly is of central importance in biomolecular computation. The stochastic nature of the self-assembly process leads to assembly errors, i.e., deviations from ideal growth of the assembly. Many different constructions of proofreading tile sets have been proposed in the literature to reduce the effect of such assembly errors. Another major error mechanism affecting the self-assembly process in practice is that of imperfections within the tiles themselves. This source of error has, surprisingly, received little prior attention. In this work, we consider a scenario in which some small proportion of the tiles in a tile set are ¿malformed¿. We study, through simulations, the effect of such malformed tiles on the self-assembly process within the kinetic Tile Assembly Model (kTAM). The simulation results show that some tile set constructions show greater error-resilience in the presence of malformed tiles than others. But, most notably, the snaked proofreading tile set of Chen and Goel fails to form even moderately-sized tile assemblies when malformed tiles are present. We present modifications of the snaked proofreading construction that indicate that it is possible to design tile sets that are not just robust with respect to errors intrinsic to the self-assembly process, but also with respect to malformed tiles.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,164

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

En bref

Citations0
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même sujetDNA and Biological ComputingTravaux en français237 207