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Enregistrement W2556774727 · doi:10.1101/085910

Harnessing the lymphocyte meta-phenotype to optimize adoptive cell therapy

2016· preprint· en· W2556774727 sur OpenAlexaff
John E. Mullinax, Cliona O’Farrelly, Jacob G. Scott, Andreas Buttenschön, Asmaa El-Kenawi, Fadoua El Moustaid, Alexander G. Fletcher, Clemens Grassberger, Eunjung Kim, Andriy Marusyk, H. L. O. McClelland, Daria Miroshnychenko, Daniel Nichol

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCAR-T cell therapy research
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTumor-infiltrating lymphocytesMelanomaAdoptive cell transferEx vivoCD8ImmunotherapyImmunologyCancer researchT cellPhenotypeMedicineBiologyImmune systemIn vivo

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT There is an urgent need for reliable effective therapy for patients with metastatic sarcoma. Approaches that manipulate the immune system have shown promise for patients with advanced, widely disseminated malignancies. One of these approaches is adoptive cell therapy (ACT), where tumor-infiltrating lymphocytes (TIL) are isolated from the tumor, expanded ex vivo , and then transferred back to the patient. This approach has shown great promise in melanoma, leading to an objective response in approximately half of treated patients [14]. Standard protocols involve characterization of TIL populations with respect to adaptive CD4+ and CD8+ T-lymphocytes, but neglect the possible role of the innate lymphoid repertoire. Due to toxicity and the high cost associated with ACT, the IFN-γ release assay is currently used as a proxy to identify suitable TIL isolates for ACT. Efforts in TIL-ACT for sarcoma, which are pre-clinical and pioneered at Moffitt Cancer Center, have shown that only a minority of the TIL cultures show tumor specific activity in ex vivo IFN-γ assays. Surprisingly, internal melanoma trial data reveal a lack of correlation between IFN-γ assay and clinical outcomes, highlighting the need for a more reliable proxy. We hypothesize the existence of a predictable TIL meta-phenotype that leads to optimal tumor response. Here, we describe preliminary efforts to integrate prospective and existing patient data with mathematical models to optimize the TIL meta-phenotype prior to re-injection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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