Targeted high-throughput sequencing of candidate genes for chronic obstructive pulmonary disease
Notice bibliographique
Résumé
Reduced lung function in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is likely due to both environmental and genetic factors. We report here a targeted high-throughput DNA sequencing approach to identify new and previously known genetic variants in a set of candidate genes for COPD. Exons in 22 genes implicated in lung development as well as 61 genes and 10 genomic regions previously associated with COPD were sequenced using individual DNA samples from 68 cases with moderate or severe COPD and 66 controls matched for age, gender and smoking. Cases and controls were selected from the Obstructive Lung Disease in Northern Sweden (OLIN) studies. In total, 37 genetic variants showed association with COPD ( p < 0.05, uncorrected). Several variants previously discovered to be associated with COPD from genetic genome-wide analysis studies were replicated using our sample. Two high-risk variants were followed-up for functional characterization in a large eQTL mapping study of 1,111 human lung specimens. The C allele of a synonymous variant, rs8040868, predicting a p.(S45=) in the gene for cholinergic receptor nicotinic alpha 3 ( CHRNA3 ) was associated with COPD ( p = 8.8 x 10 −3 ). This association remained ( p = 0.003 and OR = 1.4, 95 % CI 1.1-1.7) when analysing all available cases and controls in OLIN ( n = 1,534). The rs8040868 variant is in linkage disequilibrium with rs16969968 previously associated with COPD and altered expression of the CHRNA5 gene. A follow-up analysis for detection of expression quantitative trait loci revealed that rs8040868-C was found to be significantly associated with a decreased expression of the nearby gene cholinergic receptor, nicotinic, alpha 5 ( CHRNA5 ) in lung tissue. Our data replicate previous result suggesting CHRNA5 as a candidate gene for COPD and rs8040868 as a risk variant for the development of COPD in the Swedish population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».