Shikimate kinase-like 1 plays an integral role in chloroplast biogenesis
Notice bibliographique
Résumé
The shikimate pathway is found in plants, fungi, and microbes, but not mammals which makes it an attractive target for antimicrobials and herbicide development. In plants, the shikimate pathway produces precursors of compounds that are crucial for growth, defense and, survival. We focused on the enzyme shikimate kinase (SK) which catalyzes the phosphorylation of shikimate; the fifth reaction of the pathway. Plant SK underwent a gene duplication event yielding shikimate kinase-like genes (SKL1 and SKL2) roughly 400 MYA. Despite the overall similarity in sequence between SK and SKL1, a previous in vitro analysis showed that SKL1 does not catalyze a phosphorylation reaction in the presence of shikimate. When a three-dimensional structural model of SKL1 was compared with the microbial crystal structure of SK, we identified several highly conserved functional domains crucial for the shikimate kinase reaction: the shikimate binding domain (SBD) critical for substrate recognition, the LID domain integral for the transfer of phosphate to bound shikimate, and the walker A and B domains important for ATP binding. Of these domains, only the walker A and B domains are conserved in SKL1. Together with in vitro analysis, it is evident that SKL1 does not interact with shikimate, but the function is still unknown. Sequence alignment and modeled structure also revealed the presence of a novel phosphoglycerate mutase-like (PGML) domain within SKL1.This further suggests neofunctionalization of SKL1 compared to its parent gene SK. Current studies in our lab focus on determining the crystal structure of SKL1. This structure will be used for ligand docking experiments to identify potential substrates of the enzyme. As an additional means of substrate identification, we will also be performing crystal soaking experiments using plant extracts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».