Gene mutations responsible for primary immunodeficiency disorders: A report from the first primary immunodeficiency biobank in Iran
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Primary immunodeficiency (PID) is a heterogeneous group of inheritable genetic disorders with increased susceptibility to infections, autoimmunity, uncontrolled inflammation and malignancy. Timely precise diagnosis of these patients is very essential since they may not be able to live with their congenital immunity defects; otherwise, they could survive with appropriate treatment. DNA biobanks of such patients could be used for molecular and genetic testing, facilitating the detection of underlying mutations in known genes as well as the discovery of novel genes and pathways. METHODS: According to the last update of the International Union of Immunological Societies (IUIS) classification, patients are registered in our biobank during a period of 15 years. All patients' data were collected via questionnaire and their blood samples were taken in order to extract and protect their DNA content. RESULTS: Our study comprised 197 patients diagnosed with PID. Antibody deficiency in 50 patients (25.4%), phagocytic defect in 47 patients (23.8%) and combined immunodeficiency with associated/syndromic feature in 19 patients (9.6%) were the most common PID diagnoses, respectively. The most common variant of PID in our study is common variable immunodeficiency, which accounted for 20 cases (10.1%), followed by chronic mucocutaneous candidiasis in 15 patients (7.9%) and congenital neutropenia in 13 patients (7%). Mean age at onset of disease was 4 years and mean age of diagnosis was 9.6 years. The average diagnostic delay was 5.5 years, with a range of 6 months to 46 years. Parental consanguinity and history of PID in family were observed in 70.2 and 48.9% of the patients, respectively. The majority of PID patients (93.3%) were from families with low socioeconomic status. CONCLUSION: This prospective study was designed to establish a PID Biobank in order to have a high quality DNA reservoir of these patients, shareable for international diagnostic and therapeutic collaborations. This article emphasizes the need to raise the awareness of society and general practitioners to achieve timely diagnosis of these patients and prevent current mismanagements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».