MxDC & MxLIVE:Software for Macromolecular Crystallography Experiments at the CLS
Notice bibliographique
Résumé
The Canadian Macromolecular Crystallography Facility (CMCF) is a suite of two beamlines 08ID-1 and 08B1-1. Beamline 08B1-1 is a bending-magnet beamline for high-throughput macromolecular crystallography enabling Multiple-Wavelength Anomalous Dispersion (MAD) and Single-Wavelength Anomalous Dispersion (SAD) experiments with a high level of automation. We have developed an integrated software system with modules for beamline control, experiment management, and automated data processing for both on-side and remote users. The experiment management module, also known as MxLIVE (Macromolecular Crystallography Laboratory Information Virtual Environment) is responsible for managing the storage of information about samples, sample shipments, experiment requests, experiment results and data sets. It provides a web-based interface for users to submit sample information and experiment requests, track shipments en route to the CLS and review experiment results and data sets as they are completed on site, and for beamline staff to manage Mail-In data acquisition sessions, reducing the need for user travel to the synchrotron. The beamline control module includes a user-friendly interface for data collection, MxDC (Macromolecular Crystallography Data Collector). MxDC is fully integrated with beamline hardware as well as software applications such as MxLIVE and AutoProcess, an innovative data processing pipeline. This makes MxDC a hub for all experiment-focused activities at CMCF beamlines, including sample auto-mounting, centering and screening crystals, diffraction experiments, and automated data reduction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,138 | 0,089 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».