Characterization of transglutaminase homologues found in andrimid biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are multimodular enzymes that synthesize products with diverse structures and activities ranging from antibiotics to industrial solvents. They are arranged into an assembly line of modules where each module is responsible for incorporating a specific monomer into the final nonribosomal peptide (NRP). Diversity in NRPs stems from the fact that NRPSs utilize not only the 20 proteinogenic amino acids, but also include nonproteinogenic amino acids, fatty acids, and alpha-hydroxy acids as building block substrates. Andrimid is a NRP antibiotic that inhibits membrane biosynthesis by blocking bacterial acetyl coenzyme A carboxylases. It is synthesized in a hybrid NRPS-polyketide synthase (NRPS-PKS) using a fatty acid, phenylalanine, valine, and glycine. A remarkable feature of this synthetic system is that instead of a normal condensation domain, it uses two atypical free-standing proteins with homology to transglutaminases to catalyze the formation of the first and second amide bonds. We are characterizing the action of transglutaminase homologues (TGH) in andrimid synthesis using biochemical assays and X-ray crystallography. Initial investigations of the andrimid biosynthetic cluster found in Panteao agglomerans focused on the TGH, AdmF, which catalyzes the formation of the first amide bond. Crystallization trials have been initiated on AdmF in its apo form and in complex with its interacting binding partner, the peptide carrier protein domain AdmI. To date, only a few andrimid producing bacteria have been discovered. Using genome mining, a biosynthetic cluster homologous to the andrimid biosynthetic cluster found in Panteao agglomerans was identified in Vibrio coralliilyticus. The two TGHs, CoraF and CoraS, were cloned, expressed and purified, and crystallization trials are underway. Our progress in biochemical and biophysical characterization of AdmF, CoraF, and CoraS will be presented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».