The Structural Basis for BVMO Substrate Profile and Stereospecificity
Notice bibliographique
Résumé
The Baeyer-Villiger monooxygenases (BVMOs) are a group of bacterial enzymes that are able to catalyze the synthetically useful Baeyer-Villiger oxidation reaction. As such, these enzymes have attracted considerable attention as potential industrial biocatalysts. The interest in these enzymes has led to a desire to be able to rationally design them for tailored biocatalytic applications. While recent years have seen the publication of a number of crystal structures (1-3), we have been lacking a structure of a BVMO that has its native substrate or product bound in a conformation that will allow the determination of substrate specificity and stereospecificity. Without such a structure, progress towards tailored BVMOs has been hampered. We have been able to solve two crystal structures of cyclohexanone monooxygenase (CHMO) with its lactone product, ε-caprolactone, bound. These structures place the lactone in an ideal position for the determination of its substrate specificity and stereospecificity. These structures have provided us with a better understanding of the structural basis for substrate binding, paving the way for the rational design of tailored BVMOs. At the same time, we have pursued small-angle X-ray scattering (SAXS) and nuclear magnetic resonance (NMR) studies to better understand the dynamic nature of the enzyme. These studies have allowed us to explain the relationship between the various crystallized states of BVMOs and their complex, fourteen step enzyme mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».