Study of 2'-macrolide phosphotransferase selectivity for different substrates
Notice bibliographique
Résumé
Macrolides are antibiotics that have been in use since the late 1950s to treat a wide range of bacterial infections (e.g. upper respiratory infections, skin and soft–tissue infections, stomach ulcers and some venereal diseases). The structure of these antibiotics contains a lactone ring of either 14, 15, or 16 members, with a variety of sugar moieties attached. Resistance to this class of antibiotics may result from the reaction carried out by macrolide phosphotransferases [MPHs]. MPHs belong to the family of antibiotic kinases which catalyzes the transfer of a phosphate group from a nucleoside triphosphate to a specific hydroxyl on the antibiotic. However, unlike most antibiotic kinases, MPHs utilize GTP as the phosphate donor. Specifically, 2'-macrolide phosphotransferase type I [MPH(2')-I] transfers the gamma-phosphate from GTP to the 2'-hydroxyl of 14- and 15-membered ring macrolides. Crystal structure of the ternary complexes of MPH(2')-I with both 14- and 15-membered lactone macrolides have been determined. To study the basis of substrate selectivity, we have generated mutations of several amino acid residues in the macrolide-binding pocket and examined the catalytic activities of these mutants on the different classes of macrolides, including those containing a 16-membered lactone. Furthermore, we will present kinetic studies of MPH(2')-I containing mutations in the nucleoside-binding pocket in order to study the mechanism for the enzyme's preference for GTP.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».