Genome-Wide Genotype-Based Risk Model for Survival in Acute Myeloid Leukemia Patients with Normal Karyotype.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract 2526 Introduction: Single nucleotide polymorphism (SNP) is an inter-individual genetic variation which could explain inter-individual differences of response/survival to chemotherapy. The present study was attempted to build up risk model of survival for acute myeloid leukemia (AML) patients with normal karyotype (AML-NK). Methods and materials: A total of 247 patients with AML-NK was included into the study. Genome-wide SNP array (Affymetrix SNP-array 6.0) was performed in the discovery set (n=118), and genotypes were analyzed for overall survival (OS). After identifying significant SNPs for OS in single SNP analyses, risk model was constructed. Replication was performed in an independent validation cohort (n=129). Results: Out of 632,957 autosomal SNPs meeting genotype data filtration criteria, a total of 82 SNPs were selected and passed into the next step of validation in an independent cohort. In the risk model generation step, finally 4 SNPs (rs2826063, rs12791420, rs11623492 and rs2575369) were meeting stringent criteria for SNP selection as follows: 1) p-value < 0.10 from Cox proportional hazards regression model in adjustment with age and WBC counts at diagnosis; 2) minor allele frequency > 0.05; 3) call rate > 95.0%; 4) high linkage disequilibrium r2 < 0.8. These 4 SNPs were introduced into the risk model, and patients was grouped into 2 groups according to the number of deleterious variables including 4 SNPs and 2 clinical variables (i.e. age and WBC counts at presentation): risk score 0–2 as a low risk (n=80) and 3–6 as a high risk (n=38). The risk model could stratify the patients according to their OS in discovery (p=1.053656•10−4) and in validation set (p=5.38206•10−3). The risk model showed a higher AUC than those being incorporated only clinical or only 4 SNPs, suggesting improved prognostic stratification power of combined model. Conclusion: Genome-wide SNP based risk model obtained from 247 patients with AML-NK can identify high risk group of patients with poor survival using genome wide SNP data. (Clinicaltrials.govIdentifier:NCT01066338) Disclosures: No relevant conflicts of interest to declare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».