Towards a structural characterization of the IFIT antiviral complex
Notice bibliographique
Résumé
Our first line of defense against viral pathogens is the innate immune system. Interferon-induced proteins with tetratricopeptide repeats (IFITs) are innate immune effector molecules that are thought to confer antiviral defense through the formation of the IFIT `Interactome', a multiprotein complex made up of IFIT1, IFIT2, IFIT3 and several other host factors1. Through IFIT1, this complex has the ability to distinguish self from non-self nucleic acids such as virus-derived RNA bearing 5´-triphosphate or viral mRNA lacking 2´-O methylation on the first two nucleotides1,2. We have limited information on the architecture of this complex, its role in innate immunity, and its activity downstream of RNA binding remain unclear. To better understand the mechanisms of Interactome formation, we are investigating the structure of its core, namely the IFIT1-IFIT2-IFIT3 complex. Since it is challenging to crystallize the complex as a whole, likely due to its size and heterogeneity, we are also targeting the structure of individual components and co-crystals of interacting domains. A crystal structure of human IFIT2 is available, and our lab has solved the structure of N-terminal human IFIT1 and, more recently, N-terminal IFIT3. In this study, we aim to characterize the interaction between IFIT1 and IFIT2, and between IFIT3 and IFIT2, through gel-filtration binding assays, in vitro pull-downs and deletion mutations. Preliminary results on the expression and purification of IFIT2-deletion mutants will be presented, as well as purification of IFIT subcomplexes. Understanding the molecular mechanisms behind IFIT-mediated virus elimination will help us unravel the complexities of these interactions and significantly advance our fundamental knowledge of innate immunity, paving the way for designing novel immunotherapeutics, which could potentially complement anti-cancer strategies that rely on oncolytic RNA viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».