Crystal structure of an alleged mannosylphosphate transferase Ktr6p at 3.06 Å
Notice bibliographique
Résumé
Ktr6p is an alleged mannosylphosphate transferase from yeast Golgi. It has been implicated in decorating both O-linked and N-lined glycans with mannosylphosphate in vivo. However, based on sequence similarity, Ktr6p belongs to GT15 family of α-1,2-mannosyltransferases. To address this disagreement, the soluble portion of Ktr6p was expressed in P. pastoris and purified by liquid chromatography. The purified protein, GDP-mannose and various acceptors were used in a number of direct and indirect activity assays, however, neither manosyltransferase nor mannosylphosphate transferase activity was detected. Ktr6p was crystallized in a number of PEG- containing conditions, but the crystals resisted all attempts at cryoprotection. Three crystals were used to collect a 3.06 Å resolution dataset on a home source at room temperature. The crystals belong to P 21 21 21 spacegroup with 2 molecules per asymmetric unit. The structure was solved by molecular replacement using a structure of Kre2p, a close homolog from GT15 family (40% sequence identity). The structure was refined to R/Rfree 16.1%/21.2% The overall structure of Ktr6p is very similar to the structure of Kre2p having less than 2 Å overall backbone RMSD. However even at 3 Å resolution the difference in the active site is striking. The guanine moiety binding pocked is occluded by a well-ordered loop making GDP-mannose binding impossible in this conformation. Several aminoacid substitutions in the Mn2+ coordinating environment suggest that Ktr6 does not depend on manganese for its postulated activity. These observations indicate that Ktr6p functions quite differently from Kre2p.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».