Future developments for macromolecular crystallography at the CLS
Notice bibliographique
Résumé
The Canadian Macromolecular Crystallography Facility (CMCF) at the Canadian Light Source (CLS) is a suite of fully automated beamlines, 08ID-1 and 08B1-1 [1]. It serves over 60 Canadian groups plus academic and commercial users in the US. Besides remote data collection, we offer Mail-In service where data are collected by CMCF staff. Beamline 08B1-1 has been in operation since 2011 and beamline 08ID-1 since 2006. When beamline 08ID-1 was designed, over 10 years ago, small crystals were defined as having sizes of 50-100 μm. Today, the most challenging experiments require more intense X-ray beams that can be focused to accommodate much smaller crystal sizes of less than 5 μm with flux on the order of 10^11 photons/s. To reach these stringent parameters, a new more powerful source of X-rays will be required, which will be provided by a longer small-gap in-vacuum undulator (SGU). To accommodate the higher power levels and to focus X-rays to a smaller focal spot with a high degree of spatial and temporal stability, the existing X-ray optical elements need to be upgraded. The remaining components of the project include a 5-axis alignment table for improving alignment of small samples with the microbeam, a high-efficiency robotic sample-changer and a single-photon X-ray detector. Several options for the new design will be discussed. These developments are consistent with the current direction of structural biology research at the CLS [2]. Since 2006 over 225 (240) papers and 400 (444) PDB deposits reported data collected at beamline 08ID-1. Parentheses indicate the total number for the CMCF. Many of these have been published in very high impact journals such as N. Engl. J. Med., Nature, Cell, Science, PNAS, among others (http://cmcf.lightsource.ca/publications/).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,102 | 0,048 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».