77 TRANSCRIPTOME PROFILING IN OOCYTES-EMBRYO AND GRANULOSA CELLS FROM BOVINE
Notice bibliographique
Résumé
The EmbryoGENE Network (2008–2013) has assembled data from more than 764 DNA arrays covering the entire transcriptome of bovine oocytes, embryos, and somatic cells, such as granulosa and cumulus cells. The data were obtained using the same extraction-amplification-hybridization-analysis protocols enabling normalization and statistical analysis across time, tissues, and experiments. To provide the scientific community with this information in an organised and functional matter, we have created a web application (http:// http://emb-bioinfo.fsaa.ulaval.ca/granulosaIMAGE/) where the information on 40,000 genes products from 4 tissues are currently available: oocytes (mainly at the germinal vesicle stage), blastocysts in different culture conditions (namely in vitro, in vivo, different concentrations of lipids, free radicals and glucose, as well as blastocysts from cloning, vitrification, and different breeds). Also represented is the complete panel of late folliculogenesis from 3 mm upward including growing, plateau, and atretic phase oocytes, as well as their response to LH and several types of ovarian stimulation. In addition, a postpartum panel of dominant follicles (PGF2a synchronized at Day 30, 60, 90, 12) with high or low BHB (beta-hydroxybutyrate) or vitamin treated (B-6 and B-9) is represented. In each of the panels, a red background indicates differential expression for any given gene or isoform (40,000 on the EmbryoGENE array). To complete the information, a RNAseq experiment was performed on each stage from the germinal vesicle oocyte to the blastocyst (including early and late 8 cell) and presented as an absolute expression level, which is a measure of the total number of RNA molecules for the selected family of transcripts. The web application also provides relative expression values, which measure the proportion of the total transcripts represented by the selected family of transcripts. This information is provided as a graphical representation from the germinal vesicle to the blastocyst stage. This source of information may be cited either by referring to the website or by citing each individual analysis (>20 published papers from >20 principal investigators from Canada and abroad, all publicly available) used to assemble the profiles. We anticipate that this site will be useful to all scientists in bovine reproduction. The EmbryoGENE network was supported by NSERC Canada and Semex Canada for the bovine side.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».