Structural Insights into Regulation of Quinate Degradation in Bacteria
Notice bibliographique
Résumé
The shikimate pathway is an essential metabolic pathway in bacteria, as well as plants and fungi, which ultimately leads to the synthesis of three aromatic amino acids among other important aromatic compounds. The fourth step in the pathway is the reduction of dehydroshikimate to shikimate, catalyzed by shikimate dehydrogenase (SDH/AroE). In addition to AroE, at least four functionally distinct SDH homologs exist in bacteria. The structure and catalytic residues of the SDH enzyme family are highly conserved, however the key residues for substrate binding vary among the different homologs. Together, these data suggest that the catalytic mechanism is maintained among homologs, yet each may bind a different substrate. The YdiB homolog catalyzes the first step in the quinate degradation pathway, which is a branch of the shikimate pathway. In various species, the operons containing the ydiB gene are predicted to be controlled by one of two different transcriptional regulators belonging to either the TetR or LysR family. In both cases, these regulators are predicted to be activated or repressed by intermediates of the quinate degradation pathway. We will be using structural biology to determine how these regulators recognize pathway intermediates, and to understand the structural basis of how two distinct regulators can control transcription of the equivalent operon in different species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».