Bacterial Effector Kinases
Notice bibliographique
Résumé
Protein phosphorylation is one of the main signaling mechanisms in eukaryotic cells. Not surprisingly, pathogenic adopted this mechanism to interfere with signaling processes in the host cell. To this end pathogens evolved kinases that, in addition to other bacterial effector proteins, are injected into the host cell via a syringe-like type 3 (T3SS) or type 4 (T4SS) secretion systems. Kinases NleH1 and NleH2 from pathogenic E. coli, OspG from Shigella, SteC and SboH from Salmonella, LegK1-4 from Legionella and YspK and YpkA from Yersinia represent currently known effector kinases. Some of these kinases were likely derived from eukaryotes via horizontal gene transfer (SteC, LegK1-4, YpkA). Other kinases (NleH, OspG, SboH and YspK) have been so far identified only in the pathogenic bacteria. The structures of NleH and OspG proved that these kinases, which are half the size of an average human kinase, contain only a core kinase fold. These kinases lack the main regulatory element – the activation loop. The structure of NleH suggests that it has no activation mechanism since the apo-kinase domain adopts an active conformation and no change is observed on nucleotide binding. The OspG kinase, which also contains only the core kinase fold, is stimulated by its binding partner, the ubiquitin-conjugating enzyme E2-ubiquitin complex. The structure of OspG:UbcH7-Ub complex shows that OspG binds the E2 and ubiquitin (Ub) at two distinct sites on its surface. In this complex the OspG active site is unobstructed and primed for catalysis. However the mechanism of OspG activation remains presently unknown. Both NleH and OspG were found to inhibit the NF-kB pathway, however the substrates forOspG and NleH kinase activities are not yet known.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,024 | 0,036 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».