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Enregistrement W2559646620 · doi:10.1107/s2053273314095710

Bacterial Effector Kinases

2014· article· en· W2559646620 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section A Foundations and Advances · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversity of ReginaWestern UniversityUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésKinaseEffectorCell biologyProtein kinase domainBiologyUbiquitinPhosphorylationProtein-Serine-Threonine KinasesBiochemistryChemistryProtein kinase AGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Protein phosphorylation is one of the main signaling mechanisms in eukaryotic cells. Not surprisingly, pathogenic adopted this mechanism to interfere with signaling processes in the host cell. To this end pathogens evolved kinases that, in addition to other bacterial effector proteins, are injected into the host cell via a syringe-like type 3 (T3SS) or type 4 (T4SS) secretion systems. Kinases NleH1 and NleH2 from pathogenic E. coli, OspG from Shigella, SteC and SboH from Salmonella, LegK1-4 from Legionella and YspK and YpkA from Yersinia represent currently known effector kinases. Some of these kinases were likely derived from eukaryotes via horizontal gene transfer (SteC, LegK1-4, YpkA). Other kinases (NleH, OspG, SboH and YspK) have been so far identified only in the pathogenic bacteria. The structures of NleH and OspG proved that these kinases, which are half the size of an average human kinase, contain only a core kinase fold. These kinases lack the main regulatory element – the activation loop. The structure of NleH suggests that it has no activation mechanism since the apo-kinase domain adopts an active conformation and no change is observed on nucleotide binding. The OspG kinase, which also contains only the core kinase fold, is stimulated by its binding partner, the ubiquitin-conjugating enzyme E2-ubiquitin complex. The structure of OspG:UbcH7-Ub complex shows that OspG binds the E2 and ubiquitin (Ub) at two distinct sites on its surface. In this complex the OspG active site is unobstructed and primed for catalysis. However the mechanism of OspG activation remains presently unknown. Both NleH and OspG were found to inhibit the NF-kB pathway, however the substrates forOspG and NleH kinase activities are not yet known.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,982
Score d'incertitude au seuil0,486

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle