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Enregistrement W2559660890 · doi:10.1107/s2053273314095229

Structural Studies of an Novel Sugar Nucleotide Pyranose-Furanose Mutase

2014· article· en· W2559660890 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section A Foundations and Advances · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueCarbohydrate Chemistry and Synthesis
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMutaseFuranoseBiologyBiochemistryNucleotideEnzymeStereochemistryChemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Campylobacter jejuni (Cjj) is the leading cause of gastroenteritis in humans, its glycoconjugates are known to include sugars in the furanose ring conformation. In particular, Cjj HS:41 strains are associated with the development of Guillian-Barré syndrome (GBS) and produce a key virulence factor of the bacterium, namely furanose-based capsular polysaccharides (CPS). To date, the enzymes responsible for furanose biosynthesis in Cjj HS:41 CPS are poorly understood. CPS sequencing has revealed three genes, annotated as glf1-3 via homology to known bacterial UDP-D-galactopyranose mutase (UGM), could be involved in the biosynthetic pathways. Our laboratories are interested in the structure-function relationship behind recognition and discrimination within such pyranose-furanose mutases. Enzymology studies have shown Glf1 is a flavoprotein responsible for isomerization between GDP-6d-D-altro-heptopyranose and GDP-6d-D-altro-heptofuranose, the latter being a major component of CPS. This GDP-altro-heptopyranose mutase (GaHM) activity is the first example of a heptose-recognizing mutase. Given that many of the UGM active site and FAD binding site residues are conserved in GaHM, the catalytic mechanism is likely similar to that of UGM. In order to establish key features of the enzyme, detailed structural information is required. We report here on the structure of Cjj GaHM, which has been co-crystallized with GDP, in both oxidized and reduced states. Due to low sequence identity with bacterial UGMs, Se-MET SAD phasing was ultimately employed to solve the structure. We will also discuss our recent crystallization efforts with Cjj GaHM in the presence of GDP-sugar substrate derivatives. Ultimately, the structural information gleaned from this study could lead to the identification of a new inhibitors targeting the CPS biosynthetic pathway.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,606
Score d'incertitude au seuil0,768

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle