Structural Studies of an Novel Sugar Nucleotide Pyranose-Furanose Mutase
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter jejuni (Cjj) is the leading cause of gastroenteritis in humans, its glycoconjugates are known to include sugars in the furanose ring conformation. In particular, Cjj HS:41 strains are associated with the development of Guillian-Barré syndrome (GBS) and produce a key virulence factor of the bacterium, namely furanose-based capsular polysaccharides (CPS). To date, the enzymes responsible for furanose biosynthesis in Cjj HS:41 CPS are poorly understood. CPS sequencing has revealed three genes, annotated as glf1-3 via homology to known bacterial UDP-D-galactopyranose mutase (UGM), could be involved in the biosynthetic pathways. Our laboratories are interested in the structure-function relationship behind recognition and discrimination within such pyranose-furanose mutases. Enzymology studies have shown Glf1 is a flavoprotein responsible for isomerization between GDP-6d-D-altro-heptopyranose and GDP-6d-D-altro-heptofuranose, the latter being a major component of CPS. This GDP-altro-heptopyranose mutase (GaHM) activity is the first example of a heptose-recognizing mutase. Given that many of the UGM active site and FAD binding site residues are conserved in GaHM, the catalytic mechanism is likely similar to that of UGM. In order to establish key features of the enzyme, detailed structural information is required. We report here on the structure of Cjj GaHM, which has been co-crystallized with GDP, in both oxidized and reduced states. Due to low sequence identity with bacterial UGMs, Se-MET SAD phasing was ultimately employed to solve the structure. We will also discuss our recent crystallization efforts with Cjj GaHM in the presence of GDP-sugar substrate derivatives. Ultimately, the structural information gleaned from this study could lead to the identification of a new inhibitors targeting the CPS biosynthetic pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».