Crystal Structure of the Streptomyces coelicolor Sortase E1 Transpeptidase Provides Insight into the Binding Mode of the Novel Class E Sorting Signal
Notice bibliographique
Résumé
Many species of Gram-positive bacteria use sortase transpeptidases to covalently affix proteins to their cell wall or to assemble pili. Sortase-displayed proteins perform critical and diverse functions for cell survival, including cell adhesion, nutrient acquisition, and morphological development, among others. Based on their amino acid sequences, there are at least six types of sortases (class A to F enzymes); however, class E enzymes have not been extensively studied. Class E sortases are used by soil and freshwater-dwelling Actinobacteria to display proteins that contain a non-canonical LAXTG sorting signal, which differs from 90% of known sorting signals by substitution of alanine for proline. Here we report the first crystal structure of a class E sortase, the 1.93 Å resolution structure of the SrtE1 enzyme from Streptomyces coelicolor. The active site is bound to a tripeptide, providing insight into the mechanism of substrate binding. SrtE1 possesses β3/β4 and β6/β7 active site loops that contact the LAXTG substrate and are structurally distinct from other classes. We propose that SrtE1 and other class E sortases employ a conserved tyrosine residue within their β3/β4 loop to recognize the amide nitrogen of alanine at position P3 of the sorting signal through a hydrogen bond, as seen here. Incapability of hydrogen-bonding with canonical proline-containing sorting signals likely contributes to class E substrate specificity. Furthermore, we demonstrate that surface anchoring of proteins involved in aerial hyphae formation requires an N-terminal segment in SrtE1 that is presumably positioned within the cytoplasm. Combined, our results reveal unique features within class E enzymes that enable them to recognize distinct sorting signals, and could facilitate the development of substrate-based inhibitors of this important enzyme family.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».