AllerGen’s 8th research conference
Notice bibliographique
Résumé
Background: Asthma is the most prevalent chronic disease among children and affects 235 million people worldwide [1].Although the incidence of asthma in South America is among the highest worldwide, underlying causes and disease phenotypes are poorly defined and may differ to developed countries.Recent evidence in mice [2] and human [3] has identified a 'critical window' early in life where the effects of gut microbial changes (dysbiosis) are most influential in immune development and experimental asthma.Given the differences in gut microbiota between North and South American populations, we aimed to validate our previous work in a microbially-different human population.Methods: We compared the gut microbiota of 97 infants from the coastal community Las Esmeraldas, Ecuador at 3 months of age by 16S sequencing (V4 region) Illumina MiSeq.Subjects were grouped into atopic-wheezers (n = 27) and controls (n = 70) based on a skin prick test and wheezing history at 1 year of age.An exact logistic regression model was developed to evaluate the risk associated with the AW group according to specific clinical and epidemiological metadata.Metagenomes were predicted from 16S rRNA OTU data using PIC-RUSt, and categorized by function using KEGG Orthology.The concentration of fecal short chain fatty acids (SCFA) was determined by gas chromatography.Results: Atopy and wheezing at 1 year of age was significantly associated with asthma diagnosis at 5 years (OR 17.8), birth by C-section (OR 3.1), potable water at home (OR 2.7) and in utero exposure to antibiotics (OR 2.9).This phenotype was also significantly associated with eosinophil concentration at 2 and 5 years (p < 0.05), number of episodes of respiratory infections (p < 0.01), maternal load with Trichuris trichiura during pregnancy (p < 0.05), and inversely associated with the number of diarrheal episodes by 1 year of age (p < 0.05).Similar to what we had previously found in Canadian babies, atopic-wheezing Ecuadorian babies also exhibit gut microbial dysbiosis at 3 months of age.However, the microbial alterations were different and more pronounced in Ecuadorian babies.Predicted metagenomic analysis showed significant differences in genes involved in carbohydrate and taurine metabolism.Fecal acetate was significantly reduced in atopic wheezers.Ongoing experiments will determine if differences in eukaryome are also associated with asthma risk in this population. Conclusions:This study further supports the importance of the microbiota during the first 100 days of life, although the characteristics of the microbial dysbiosis and epidemiological associations depend on geographical location.Reduced fecal acetate as a common feature in both populations suggests that different microbial alterations may have similar metabolic outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,391 | 0,240 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».