B18 Transcriptome profiling of B6.HttQ111/+ hepatocytes in response to chemical perturbagens
Notice bibliographique
Résumé
Background We are interested in detecting the earliest molecular consequences of endogenous mutant Huntingtin expression. These early consequences can be difficult to detect when cells are in a steady state, so we are using chemical perturbations to investigate how mutant Huntingtin alters dynamic cellular responses. Our own data indicate that environmental perturbations, such as a high-fat diet, can induce widespread transcriptome modification in wild-type cells that is absent or unique in cells expressing mutant Huntingtin, making this approach useful to understanding the effects of mutant Huntingtin and identify potential therapeutic targets. Aims We aim to detect the early molecular consequences of endogenous mutant Huntingtin expression in B6.HttQ111/+ hepatocytes. Methods We are using two distinct perturbations to stress primary hepatocytes; the topoisomerase II inhibitor, Etoposide, to induce DNA damage, and the Carnitine Palmitoyl Transferase-1 inhibitor, Etomoxir, to inhibit fatty acid β-oxidation. Results/outcome We have generated transcriptomic profiles using RNAseq of samples collected across a dense time course of perturbagen exposure. These profiles reveal widespread transcriptional changes, which are consistent with the mechanisms of action of these agents. We are using these transcriptomic data to build in silico models of hepatocyte metabolism and response to DNA damage. We are currently validating our in silico models by measuring expression and activation of specific proteins predicted to be altered in these perturbed states. We will present cross-sectional data describing the impact of CAG expansion in Htt on transcriptional responses to chemical perturbation in primary hepatocytes. Conclusions We conclude that the transcriptome is altered in response to environmental perturbagens in B6.HttQ111/+ hepatocytes. Support CHDI foundation, Huntington Society of Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».