MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2560563682 · doi:10.1002/gcc.22435

BCOR upregulation in a poorly differentiated synovial sarcoma with <i>SS18L1‐SSX1</i> fusion—A pathologic and molecular pitfall

2016· article· en· W2560563682 sur OpenAlexaff
Yu‐Chien Kao, Yun‐Shao Sung, Lei Zhang, Samuel Kenan, Samuel Singer, William D. Tap, David Swanson, Brendan C. Dickson, Cristina R. Antonescu

Notice bibliographique

RevueGenes Chromosomes and Cancer · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSarcoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésSynovial sarcomaBiologyFusion geneGeneDownregulation and upregulationCancer researchPathologyFusion transcriptSarcomaGeneticsMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The diagnosis of poorly differentiated synovial sarcoma (PD-SS) may be challenging due to overlapping morphologic features with other undifferentiated round cell sarcomas (URCS). Particularly relevant is the histologic overlap and shared BCOR overexpression between a subset of SS and URCS with various BCOR genetic abnormalities. Here, we report a case of PD-SS lacking the canonical SS18-SSX gene fusion, but showing strong BCOR immunoreactivity and BCOR gene abnormalities by FISH, which were misinterpreted as a URCS with BCOR gene rearrangements. The tumor had an unusual clinical presentation arising as an intraneural tumor in the ankle of a 29-year-old female. The tumor displayed a mixture of fascicular spindle cells and undifferentiated round cell components. FISH studies showed no SS18 gene abnormality; however, RNA sequencing identified a fusion transcript involving SS18L1 (a paralog gene of SS18 at 20q13.33) and SSX1. Further FISH testing validated rearrangements in SSX1 and SS18L1 genes, in addition to complex structural abnormalities of the Xp11.22-4 region. This is the second reported SS case harboring an SS18L1-SSX1 alternative fusion variant, similarly occurring in association with a large nerve. The lack of SS18 gene rearrangements by FISH corroborated with the BCOR overexpression at both mRNA and protein level may result in diagnostic pitfalls with URCS with BCOR gene abnormalities. Our results further suggest that BCOR upregulation is emerging as a common downstream pathway for SS with either typical SS18-SSX transcript or with rare fusion variants, such as SS18L1-SSX. © 2017 Wiley Periodicals, Inc.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,225
Score d'incertitude au seuil0,407

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenes Chromosomes and CancerMême sujetSarcoma Diagnosis and TreatmentTravaux en français237 207