Tissue-Specific Expression Profiling of Seedling Stage in Early-Maturity Mutant Induced by Carbon Ion Beam in Sweet Sorghum
Notice bibliographique
Résumé
An early-maturity mutant KFJT-1 has been screened out after carbon ion irradiation in sweet sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench). In this study, tissue specific digital gene expression analysis was performed between the KFJT-1 mutant and the wild type KFJT-CK at seedling stage. The results showed that a total of 717, 2160 and 2,331 tags-mapped genes were differently expressed in roots, stems and leaves of young seedling, respectively. In KFJT-1, 557 (77.7%) genes were up-regulated and 160 (22.3%) genes were down-regulated in young root; 1,232 (57.0%) genes were up-regulated and 928 (43.0%) were down-regulated in young stem; and 1,577 (67.7%) genes were up-regulated and 754 (32.3%) genes were down-regulated in young leaf. Functional annotation revealed that most induced genes functioned as “binding”, “synthase activity”, “transferase” and “transporter activity” which involved in the biological processes of metabolic and response to stimulus. Surprisingly, the up-regulated genes in KFJT-1 were classified into four KEGG pathways: “alpha-Linolenic acid metabolism”, “flavonoid biosynthesis”, “inositol phosphate metabolism” and “fatty acid biosynthesis”, which related to the stress resistance and supported the outstanding agronomic traits of KFJT-1 in the process of plant growth and development. Among the DEGs, a critical photoreceptor from photoperiod pathway PHYA gene was significantly up-regulated in leaf and root of KFJT-1, suggesting the mutation could occur on the genomic upstream of PHYA. This work may provide helpful insights to further understand the mutation mechanism in sweet sorghum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».