Modulation of thermal noise and spectral sensitivity in Lake Baikal cottoid fish rhodopsins
Notice bibliographique
Résumé
Lake Baikal is the deepest and one of the most ancient lakes in the world. Its unique ecology has resulted in the colonization of a diversity of depth habitats by a unique fauna that includes a group of teleost fish of the sub-order Cottoidei. This relatively recent radiation of cottoid fishes shows a gradual blue-shift in the wavelength of the absorption maximum of their visual pigments with increasing habitat depth. Here we combine homology modeling and quantum chemical calculations with experimental in vitro measurements of rhodopsins to investigate dim-light adaptation. The calculations, which were able to reproduce the trend of observed absorption maxima in both A1 and A2 rhodopsins, reveal a Barlow-type relationship between the absorption maxima and the thermal isomerization rate suggesting a link between the observed blue-shift and a thermal noise decrease. A Nakanishi point-charge analysis of the electrostatic effects of non-conserved and conserved amino acid residues surrounding the rhodopsin chromophore identified both close and distant sites affecting simultaneously spectral tuning and visual sensitivity. We propose that natural variation at these sites modulate both the thermal noise and spectral shifting in Baikal cottoid visual pigments resulting in adaptations that enable vision in deep water light environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».