Agreement Between Nasal Midturbinate and Nasopharyngeal Swab to Detect Streptococcus pneumoniae by Polymerase Chain Reaction in Children and Adults
Notice bibliographique
Résumé
Background. Polymerase chain reaction (PCR) is a reliable method for detecting Streptococcus pneumoniae (SPN) carriage, and the nasopharynx is the sampling site recommend by the World Health Organization. Correct sampling from the nasopharynx is uncomfortable and requires execution by trained staff. Nasal midturbinate sampling is more convenient and feasible. Comparison of nasal and nasopharyngeal (NP) swabs using culture methods showed high concordance in detecting SPN carriage in youngest children with prevalent respiratory tract infections (RTIs). Our goal was to determine the agreement between the NP and nasal swab to detect SPN carriage in children and adults using PCR. Methods. In a prospective cohort study on influenza viral shedding in Canadian Hutterite communities, pairs of NP and nasal flocked swabs were obtained in participants with and without RTI. The stored samples were analyzed for the presence of SPN using a real-time PCR assay targeting lytA gene. We determined sensitivity and specificity of the nasal swab with the NP swab as reference standard and applied McNemar's test for differences in proportions. We assessed the difference in means of log10 copies/mL SPN using the paired sample t test. Results. Of 152 individuals, 53 (34.9%) tested positive for SPN. Median age (range) was 11 (0–74) years. Ninety-seven (63.8%) subjects had at least 1 symptom suggesting ARI with the highest proportion (91%) among children <6 years of age. Overall sensitivity of the nasal swab was 67.4% (95% confidence interval [CI], 51.5–80.9), and specificity was 90.8% (95% CI, 83.8–95.5). Sensitivity was 95.2% (95% CI, 76.2–99.9) in children <6 years of age but was only 52.6 (95% CI, 28.9–75.6) in 6- to 15-year-olds. The difference in proportions of subjects positive in the NP swab (29.3%) compared with those with a positive nasal swab (25.7%) was not statistically significant (P = .54). The difference in mean SPN log10 copies/mL was −0.06 (standard deviation = 1.4; P = .83). Conclusion. Polymerase chain reaction from nasal and NP specimen yielded similar SPN log amounts. Consistent with previous studies, agreement between NP and nasal swab was high in youngest children where the less convenient NP swab could be substituted by a nasal swab. This did not hold true for older children and adults. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».