Notice bibliographique
Résumé
The majority of significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs) identified with genome-wide association studies are located in non-coding regions of the genome; it is therefore possible that they are involved in transcriptional regulation of a nearby gene rather than affecting an encoded protein's function. Previously, it was demonstrated that the SNP rs12203592, located in intron 4 of the IRF4 gene, is strongly associated with human skin pigmentation and modulates an enhancer element that controls expression of IRF4. In our study, we investigated the allele-specific effect of rs12203592 on IRF4 expression in epidermal skin samples and in melanocytic cells from donors of different skin color. We focused on the characteristics and activity of the enhancer, and on long-range chromatin interactions in melanocytic cells homozygous and heterozygous for rs12203592. We found that, irrespective of the trans-activating environment, IRF4 transcription is strongly correlated with the allelic status of rs12203592, the activity of the rs12203592 enhancer and that the chromatin features depend on the rs12203592 genotype. Furthermore, we demonstrate that the rs12203592 enhancer physically interacts with the IRF4 promoter through an allele-dependent chromatin loop, and suggest that subsequent allele-specific activation of IRF4 transcription is stabilized by another allele-specific loop from the rs12203592 enhancer to an additional regulatory element in IRF4. We conclude that the non-coding SNP rs12203592 is located in a regulatory region and affects a wide range of enhancer characteristics, resulting into modulation of the enhancer's activity, its interaction with the IRF4 promoter and subsequent allele-specific transcription of IRF4. Our findings provide another example of a non-coding SNP affecting skin color by modulating enhancer-mediated transcriptional regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».