Phylogeography and population genomics of the American black bear (ursus americanus)
Notice bibliographique
Résumé
The American black bear (Ursus americanus) is one of the eight living species of Ursidae, and the only one to have speciated in North America (1.8 - 1.2 Mya). This dissertation investigates the contemporary population structure of American black bears across their range; and specifically asks how a translocation of bears affected the population genetics of individuals in the Central Interior Highlands. Black bear mitochondrial lineages began forming within the last 170 kya, whereas the eastern and western nuclear genomes diverged 67 kya. A third nuclear lineage was discovered in contemporary Alaska, which diverged from the eastern lineage 31 kya. These three lineages harbor nine genetic clusters, and potentially more in unsampled portions of the range. These nine clusters may represent evolutionary significant units for the species; however, more work would be needed before proposing taxonomic revisions. The regional population genetics of the Central Interior Highlands (Arkansas, Oklahoma, and Missouri, USA) showed that the majority of genetic diversity in contemporary populations of the Ozark and Ouachita Mountains was introduced from Minnesota, USA and Manitoba, Canada during a translocation of bears from 1958 - 1968. Analyses also indicated that the contemporary Ozark and Ouachita populations were genetically differentiated. Additionally, bears that form a low diversity genetic cluster in Missouri were highly similar to bears from the Ozarks in genomic analyses, indicating a small founding population dispersed northwards following the reintroduction. Finally, I analyzed the accuracy and precision with which the natal location of a black bear may be identified using different inference methods and dataset compositions. While samples were estimated within 201 km of their sample site and with high precision, there was a low correlation between the state or province of sampling and that estimated. These results suggest caution when using genetic data for natal inference problems in cases for trade of wildlife products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».