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Enregistrement W2563804770 · doi:10.1101/094565

Histone gene expression is regulated by histone H2B ubiquitylation in fission yeast

2016· preprint· en· W2563804770 sur OpenAlexaff
Viviane Pagé, David T. Grabowski, C. David Allis, Jason C. Tanny

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHistone H2BHistone H2AHistone methyltransferaseHistone codeHistone H1Histone methylationBiologyHistoneCell biologyHistone deacetylase 5Molecular biologyGeneticsGeneNucleosomeGene expressionDNA methylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cell cycle-regulated expression of histone genes is vital for coordination of DNA replication with chromatin assembly. In yeast, histone genes are regulated by transcriptional activation in S phase and transcriptional repression in other phases of the cell cycle, although the mechanisms are poorly understood. Here we describe a role for histone H2B monoubiquitylation (H2Bub1), a histone mark that is linked to RNA polymerase II transcription elongation, in the activation of replication-dependent histone genes in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe . Loss of H2Bub1 is also associated with a delay in S phase progression and reduced expression of the replication initiation factor Cdc18 (ortholog of Cdc6). We provide evidence that H2Bub1 impacts histone gene transcription and acts through a mechanism that involves the 3’UTR. Consistent with our previous finding that H2Bub1 is functionally opposed to the elongation factor Cdk9, we also find that the effects of H2Bub1 on histone genes are suppressed by reduction in the activity of Cdk9. Our data suggest that H2Bub1 promotes cell growth by activating cell cycle-regulated genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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