Genes encoding norcoclaurine synthase occur as tandem fusions in the Papaveraceae
Notice bibliographique
Résumé
Norcoclaurine synthase (NCS) catalyzes the enantioselective Pictet-Spengler condensation of dopamine and 4-hydroxyphenylacetaldehyde as the first step in benzylisoquinoline alkaloid (BIA) biosynthesis. NCS orthologs in available transcriptome databases were screened for variants that might improve the low yield of BIAs in engineered microorganisms. Databases for 21 BIA-producing species from four plant families yielded 33 assembled contigs with homology to characterized NCS genes. Predicted translation products generated from nine contigs consisted of two to five sequential repeats, each containing most of the sequence found in single-domain enzymes. Assembled contigs containing tandem domain repeats were detected only in members of the Papaveraceae family, including opium poppy (Papaver somniferum). Fourteen cDNAs were generated from 10 species, five of which encoded NCS orthologs with repeated domains. Functional analysis of corresponding recombinant proteins yielded six active NCS enzymes, including four containing either two, three or four repeated catalytic domains. Truncation of the first 25 N-terminal amino acids from the remaining polypeptides revealed two additional enzymes. Multiple catalytic domains correlated with a proportional increase in catalytic efficiency. Expression of NCS genes in Saccharomyces cereviseae also produced active enzymes. The metabolic conversion capacity of engineered yeast positively correlated with the number of repeated domains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».