Single‐Molecule Force Spectroscopy Trajectories of a Single Protein and Its Polyproteins Are Equivalent: A Direct Experimental Validation Based on A Small Protein NuG2
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Single‐molecule force spectroscopy (SMFS) has become a powerful tool in investigating the mechanical unfolding/folding of proteins at the single‐molecule level. Polyproteins made of tandem identical repeats have been widely used in atomic force microscopy (AFM)‐based SMFS studies, where polyproteins not only serve as fingerprints to identify single‐molecule stretching events, but may also improve statistics of data collection. However, the inherent assumption of such experiments is that all the domains in the polyprotein are equivalent and one SMFS trajectory of stretching a polyprotein made of n domains is equivalent to n trajectories of stretching a single domain. Such an assumption has not been validated experimentally. Using a small protein NuG2 and its polyprotein (NuG2) 4 as model systems, here we use optical trapping (OT) to directly validate this assumption. Our results show that OT experiments on NuG2 and (NuG2) 4 lead to identical parameters describing the unfolding and folding kinetics of NuG2, demonstrating that indeed stretching a polyprotein of NuG2 is equivalent to stretching single NuG2 in force spectroscopy experiments and thus validating the use of polyproteins in SMFS experiments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».