Detection of viral RNA in tissues following plasma clearance from an Ebola virus infected patient
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: An unprecedented Ebola outbreak occurred in 2014-2015 in West Africa. A better understanding of the EBOV life cycle is fundamental to develop new countermeasures, as well as to fully comprehend the pathways of inter-human transmission. We have explored the possibility of viral persistence in different body fluids’ samples obtained from a Health Care Worker (HCW) infected in Sierra Leone and treated at INMI L. Spallanzani, Italy. To evaluate whether the virus was in a replicative status or simply derived from blood spill over, we compared the trends of EBOV-specific negative sense genomic RNA (neg-RNA), positive sense RNA (pos-RNA) and total viral RNA in different clinical samples. Methods & Materials: Clinical samples were inactivated in BSL4 facility and RNA was extracted with QIAamp Viral-RNA Mini-Kit (Qiagen). Quantification of total viral RNA was performed with the reference test Altona-FilovirusScreen Kit1.0 (Altona Diagnostics). To measure EBOV-specific negative sense genomic RNA (neg-RNA) and positive sense RNA (pos-RNA) [including both replication intermediate (cRNA) and messenger RNA (mRNA)], L-gene specific reverse or forward primers were used in the reverse transcription step Results: The clinical samples analyzed (sputum, nasopharyngeal swab, ocular swab, urine and plasma) show different trends in neg-RNA, pos-RNA and total viral RNA levels. In Nasopharyngeal swab, Ocular Swab and Urine, total viral RNA is the only one detectable, until Day 12, 5 and 15 after hospitalization, respectively. On the contrary, in plasma, total viral RNA, neg-RNA and pos-RNA levels simultaneously decreased, starting from day 3 and becoming undetectable at Day 6. In Sputum, pos-RNA levels decreased since Day 8, persisting at detectable levels up to Day 10, coherently with total viral RNA and neg-RNA levels, which start decreasing at Day 10 and become undetectable at Day 11. Conclusion: The presence of viral RNA and replication markers (pos-RNA and neg-RNA) in sputum might be of relevance in future analysis regarding the persistence of the virus in the upper respiratory tract, even after viral clearance from plasma. These results should be taken under further investigation in order to better understand the role of the respiratory tract for possible involvement in viral shedding, viral replication site or as a viral reservoir.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».