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Enregistrement W2564765645 · doi:10.1016/j.ccell.2016.11.003

Integrated (epi)-Genomic Analyses Identify Subgroup-Specific Therapeutic Targets in CNS Rhabdoid Tumors

2016· article· en· W2564765645 sur OpenAlexafffund
Jonathon Torchia, Brian Golbourn, Shengrui Feng, King Ching Ho, Patrick Sin‐Chan, Alexandre Vasiljevic, Joseph Norman, Paul Guilhamon, Livia Garzia, Natalia R. Agamez, Mei Lu, Tiffany Sin Yu Chan, Daniel Picard, Pasqualino De Antonellis, Dong-Anh Khuong-Quang, Aline Cristiane Planello, Constanze Zeller, Dalia Baršytė-Lovejoy, Lucie Lafay‐Cousin, Louis Létourneau, Mathieu Bourgey, Man Yu, Deena M.A. Gendoo, Misko Dzamba, Mark Barszczyk, Tiago da Silva Medina, Alexandra N. Riemenschneider, A. Sorana Morrissy, Young‐Shin Ra, Vijay Ramaswamy, Marc Remke, Christopher Dunham, Stephen Yip, Ho‐Keung Ng, Jian‐Qiang Lu, Vivek Mehta, Steffen Albrecht, José Pimentel, Jennifer A. Chan, Gino R. Somers, Cláudia C. Faria, Lúcia Roque, Maryam Fouladi, Lindsey M. Hoffman, Andrew S. Moore, Yin Wang, Seung Ah Choi, Jordan R. Hansford, Daniel Catchpoole, Diane K. Birks, Nicholas K. Foreman, Doug Strother, Álmos Klekner, László Bognár, Miklós Garami, Péter Hauser, Tibor Hortobágyi, Beverly Wilson, Juliette Hukin, Anne‐Sophie Carret, Timothy Van Meter, Eugene Hwang, Amar Gajjar, Shih‐Hwa Chiou, Hideo Nakamura, Helen Toledano, Iris Fried, Daniel W. Fults, Takafumi Wataya, Chris Fryer, David D. Eisenstat, Katrin Scheinemann, Adam Fleming, Donna L. Johnston, Jean Michaud, Shayna Zelcer, Robert Hammond, Samina Afzal, David A. Ramsay, Nongnuch Sirachainan, Suradej Hongeng, Noppadol Larbcharoensub, Richard G. Grundy, Rishi Lulla, Jason Fangusaro, Harriet Druker, Ute Bartels, Ronald Grant, David Malkin, C. Jane McGlade, Theodore Nicolaides, Tarık Tihan, Joanna J. Phillips, Jacek Majewski, Alexandre Montpetit, Guillaume Bourque, Gary D. Bader, Alyssa Reddy, G. Yancey Gillespie, Monika Warmuth‐Metz, Stefan Rutkowski, Uri Tabori, Mathieu Lupien, Michael Brudno, Ulrich Schüller, Torsten Pietsch, Alexander R. Judkins, Cynthia Hawkins, Éric Bouffet, Seung‐Ki Kim, Peter B. Dirks, Michael D. Taylor, Anat Erdreich‐Epstein, C.H. Arrowsmith, Daniel D. De Carvalho, James T. Rutka, Nada Jabado, Annie Huang

Notice bibliographique

RevueCancer Cell · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensMcGill Genome CentreMcGill UniversityLondon Health Sciences CentreChildren's Hospital of Western OntarioChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of OttawaDalhousie UniversityCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineUniversity Health NetworkUniversity of AlbertaStollery Children's HospitalAlberta Children's HospitalMcGill University Health CentreHospital for Sick ChildrenWestern UniversityMcGill University and Génome Québec Innovation CentreUniversity of TorontoSickKids FoundationChildren's & Women's Health Centre of British ColumbiaUniversity of CalgaryPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of British ColumbiaMcMaster UniversityUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteCanadian Cancer Society Research InstituteGenome CanadaCanadian Institutes of Health ResearchMcGill UniversityGénome QuébecFondation Brain Canada
Mots-clésEpigenomicsPDGFRBEpigeneticsSMARCB1DNA methylationBiologyCancer researchBioinformaticsGeneticsGeneChromatin remodelingGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations254
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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