Staphylokinase Displays Surprisingly Low Mechanical Stability
Notice bibliographique
Résumé
Single-molecule force spectroscopy (SMFS) and molecular dynamics (MD) simulations have revealed that shear topology is an important structural feature for mechanically stable proteins. Proteins containing a β-grasp fold display the typical shear topology and are generally of significant mechanical stability. In an effort to experimentally identify mechanically strong proteins using single-molecule atomic force microscopy, we found that staphylokinase (SAK), which has a typical β-grasp fold and was predicted to be mechanically stable in coarse-grained MD simulations, displays surprisingly low mechanical stability. At a pulling speed of 400 nm/s, SAK unfolds at ∼60 pN, making it the mechanically weakest protein among the β-grasp fold proteins that have been characterized experimentally. In contrast, its structural homologous protein streptokinase β domain displays significant mechanical stability under the same experimental condition. Our results showed that the large malleability of native-state SAK is largely responsible for its low mechanical stability. The molecular origin of this large malleability of SAK remains unknown. Our results reveal a hidden complexity in protein mechanics and call for a detailed investigation into the molecular determinants of the protein mechanical malleability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».