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Enregistrement W2565708833 · doi:10.1038/srep38827

Functional proteomics-aided selection of protease inhibitors for herbivore insect control

2016· article· en· W2565708833 sur OpenAlexaff
Asieh Rasoolizadeh, Aurélie Munger, Marie‐Claire Goulet, Frank Sainsbury, Conrad Cloutier, Dominique Michaud

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInsect Resistance and Genetics
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCystatinProteaseBiologyGenetically modified cropsProteasesProteomicsPEST analysisTransgeneLeptinotarsaBiotechnologyColorado potato beetleCysteine proteaseComputational biologyCystatin CBiochemistryBotanyGeneEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Studies have reported the potential of protease inhibitors to engineer insect resistance in transgenic plants but the general usefulness of this approach in crop protection still remains to be established. Insects have evolved strategies to cope with dietary protease inhibitors, such as the use of proteases recalcitrant to inhibition, that often make the selection of effective inhibitors very challenging. Here, we used a functional proteomics approach for the 'capture' of Cys protease targets in crude protein extracts as a tool to identify promising cystatins for plant improvement. Two cystatins found to differ in their efficiency to capture Cys proteases of the coleopteran pest Leptinotarsa decemlineata also differed in their usefulness to produce transgenic potato lines resistant to this insect. Plants expressing the most potent cystatin at high level had a strong repressing effect on larval growth and leaf intake, while plants expressing the weakest cystatin showed no effect on both two parameters compared to untransformed parental line used for genetic transformation. Our data underline the relevance of considering the whole range of possible protease targets when selecting an inhibitor for plant pest control. They also confirm the feasibility of developing cystatin-expressing transgenics resistant to a major pest of potato.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,321

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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