Rapid molecular identification of fecal origin-colonies growing on Enterococcus spp.-specific culture methods
Notice bibliographique
Résumé
The mEI, Chromocult® enterococci, and m-Enterococcus culture-based methods used to assess water quality by the detection of Enterococcus spp. were first compared in terms of sensitivity using (1) 41 different type strains of Enterococcus spp. and (2) environmental colonies identified by 16S rRNA sequencing. Then, two specific-rtPCR assays targeting Enterococcus spp. and Enterococcus faecalis/faecium were tested for their ability to confirm the identity of putative enterococcal colonies. The mEI, Chromocult® enterococci, and m-Enterococcus methods detected β-glucosidase activity for 28 (68.3%), 32 (78.0%), and 12 (29.3%) of the 41 reference enterococcal strains tested, respectively. Analysis with environmental colonies showed that mEI and Chromocult® enterococci media had false positive rates of 4.3% and 5.0%, respectively. Finally, the two rtPCR assays showed a specificity of 100%. Only two (2/19) colonies of E. faecium isolated from mEI agar were not detected by the Enterococcus faecium rtPCR assay, for a sensitivity of 89.5%. Our results showed that Chromocult® enterococci medium recovered more E. faecalis/faecium cells than the two other methods. Thus, the use of Chromocult® enterococci combined with the Enterococcus faecalis/faecium rtPCR assay showed the best combination to decrease the high false-positive rate obtained when the entire Enterococcus genus is targeted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».