Differential Expression of Mirna* Species in Cancer and the Contribution of MiR-223* to the Development of Acute Myeloid Leukemia.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract 2960 Poster Board II-936 Processing of the pre-miRNA through Dicer1 generates a miRNA duplex, consisting of a miRNA and miRNA* strand. While the functional roles of miRNAs are now well established, the potential roles of miRNA* species remain unclear. However, recent evidence suggests that the star strand of some miRNAs can be abundant and enter the RISC complex. Since the abundance of miRNA*s has not been comprehensively assessed in mammals and we took advantage of 10 deep sequencing libraries from a variety of human and murine cells to determine the most abundant complementary strand for non-annotated miRNA*s. We then calculated the ratio of miRNA/miRNA* for each miRNA duplex. In contrast to previous assumptions that one strand is highly dominant, we found that approximately 50% of the investigated miRNA duplexes exhibit high ratios with a dominating strand (ratio >100), 20% have intermediate ratios (ratio between 100-10) and a remarkable 10% show low ratios (ratio <10), indicating comparable expression of both strands. In addition, we found that ∼10% of all miRNA/miRNA* duplexes display inverse ratios (ratio<1), indicating incorrect annotation in miRBase. Comparing miRNA/miRNA* ratios across the miRNA sequence libraries revealed that most ratios remain constant across tissues and species. This could possibly allow for a novel classification of miRNAs into a-duplexes, miRNAs duplexes with a dominant strand and b-duplexes with both strands being abundant. However, certain ratios were highly variable across the libraries examined as exemplified for the ratio of miR-223/miR-223* which ranged from 0.11 (317:2684 read counts) to 19.6 (13006:660 read counts) in murine and human leukemia cell lines. Bioinformatics analysis on predicted miR-223* targets showed an enrichment for cancer associated genes (p<0.05), suggesting a tumor suppressor-like role for miR-223. Consistent with this, an analysis of samples from 94 AML patients with normal karyotype revealed an inverse correlation of miR-223* with CD34 expression (p=0.018), a negative prognostic marker in AML. In addition, in vitro experiments with mutated miR-223 and miR-223* constructs revealed regulatory potential for miR-223* in myeloid progenitor cells. Taken together, we propose a new classification for miRNA duplexes and provide evidence for a possible role a miRNA* in the development of acute myeloid leukemia. Disclosures: No relevant conflicts of interest to declare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».