The significance of HPV status in patients with anal cancer: A comparative technical analysis.
Notice bibliographique
Résumé
425 Background: HPV status is an important prognostic factor for outcome in head and neck cancers, with improved survival noted in HPV-positive vs -negative tumors. However, this effect has not been studied in anal cancer. Challenges exist in defining reliable and methods of detecting the presence of high-risk HPV virus or the expression of HPV-related proteins. Purpose: To determine p16 expression and HPV16 status, in association with HPV subtyping, in pre-treatment anal cancers, and to correlate marker status with clinical outcome. Methods: This retrospective study evaluated anal cancer patients treated between 1992-2005 with definitive RT or CRT at a single institution (Tom Baker Cancer Centre, Calgary, Canada). HPV subtyping, p16 protein expression via conventional immunohistochemistry (IHC) and automated quantitative IHC (AQUA), and HPV16 in-situ hybridization (CISH) was performed in a subset of patient tumors with sufficient pretreatment tumor specimen. The correlation between results using these different techniques and association of HPV markers with clinical outcome was evaluated. Results: 89 patients were identified; M:F 1:2; median age 57 years. Median tumor size was 3.5 cm. All patients were treated with radical external beam RT with curative intent; 81% received concurrent chemotherapy. Clinical CR was observed in 73% of patients at 3 months post-treatment. Median OS was 82 months. Of tumor specimens analyzed for HPV subtype, 78% (28/36) were HPV16. Using conventional IHC (DAB), 80% (28/35) of tumors over-expressed p16 (score 3). HPV16 CISH was positive in 81% (34/42). P16 AQUA™ score correlated with HPV16 subtyping, CISH for HPV16, and p16 DAB. With HPV16 subtyping as the gold standard for HPV16 infection, false positive and false negative rates were 8% and 4% with DAB, and 10% and 13% with CISH. In univariate analysis only p16 AQUA score > 244 (upper 15%) was associated with PFS (p= 0.006-95% CI 8.4 [1.8-38.6]) and OS (p= 0.013-95% CI 4.5 [1.4-15]). Conclusions: p16 expression via quantitative IHC correlates with other methods, including HPV16 subtyping, and appears more reliable for defining HPV16 status than CISH. Only quantitative IHC identified a subset of patients with worse outcome. No significant financial relationships to disclose.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».